Bakterie brodawkowe – bakterie glebowe z rodzaju Rhizobium i Bradyrhizobium żyjące w symbiozie z roślinami motylkowatymi, które tworzą na swych korzeniach narośla, tzw. brodawki korzeniowe. Bakterie te mają zdolność wiązania wolnego azotu (N₂), dzięki czemu zaopatrują rośliny w azot (40-550 kg N/ha/rok). W wyniku tej symbiozy rośliny dają plony o dużej zawartości azotu.

Każda roślina może współżyć tylko z określonym gatunkiem bakterii brodawkowych, np.:

• łubin współżyje z Bradyrhizobium. sp.,
• soja – Bradyrhizobium. japonicum,
• groch, bób i soczewica – Rhizobium. leguminosarum bv. viceae,
• fasola – Rhizobium. leguminosarum bv. phaseoli,
• koniczyna – Rhizobium. leguminosarum bv. trifolii.

Dodatek małej ilości nawozu azotowego (nawożenie startowe) dostarcza roślinie we wczesnym okresie rozwoju pokarmu azotowego i zabezpiecza ją przed głodem azotowym w okresie między wyczerpaniem tego składnika z nasienia a początkiem symbiotycznego wiązania azotu z powietrza. Efektywność symbiozy między rośliną motylkowatą a bakteriami brodawkowymi zależy od: stosowanych pestycydów, zanieczyszczeń gleby metalami ciężkimi, jak również obecności bakteriofagów i niektórych szkodników glebowych (np. oprzędzika), które niszczą brodawki korzeniowe. Nadmierna chemizacja rolnictwa powoduje zubożenie gleb w bakterie brodawkowe, np. zaprawy nasienne opóźniają tempo wzrostu szczepów Rhizobium i Bradyrhizobium oraz zmniejszają liczebność i wielkość ich kolonii. Chociaż bakterie brodawkowe znajdują się w glebie i zakażają korzenie samorzutnie, to w celu zwiększenia plonów roślin motylkowatych stosuje się szczepionki Nitraginy, wprowadzające do gleby szczepy bardziej aktywne i wirulentne.